Coronavirus

Des virus couronnés

Les coronavirus sont des virus ARN enveloppés avec une capside¹ hélicoïdale². La taille du génome est de l’ordre de 20’000 paires de base et le virion³ est d’une taille d’environ 120nm. Les coronavirus exposent sur leur enveloppe une protéine appelée « Spike » qui leur confère une apparence de couronne en microscopie électronique expliquant leur nom, « coronavirus ».

Il existe différentes espèces de coronavirus. Les coronavirus humains saisonniers (HCoV) représentent en Europe la deuxième cause de rhume après le rhinovirus⁴. Bien que fréquents, ils sont peu dangereux. Inversement, le virus du SARS (SARS-CoV-1), l’agent de la maladie Covid-19 (SARS-CoV-2) et le virus causant le syndrome respiratoire aigüe du Moyen-Orient (MERS-CoV) peuvent se révéler dangereux pour l’être humain, puisqu’ils peuvent tous les trois conduire à une détresse respiratoire secondaire à une pneumonie virale.

La pandémie de SARS-COV-2

Le SARS-CoV-2 a été découvert dans la région de Wuhan en Chine en décembre 2019. Il cause le plus souvent une infection asymptomatique ou un syndrome grippal caractérisé par de la fièvre, des myalgies, des arthralgies, une fatigue importante et parfois des troubles du goût (dysgueusie⁵) ou de l’odorat (anosmie⁶). Il cause malheureusement trop souvent une atteinte respiratoire majeure avec une pneumonie virale bilatérale nécessitant une administration d’oxygène et parfois une ventilation assistée en soins intensifs. Il peut causer aussi un état hyperinflammatoire et hypercoagulable à l’origine de thromboses veineuses⁷ ou d’embolie pulmonaires⁸. La maladie se caractérise aussi de complications tardives (vasculite cutanée, atteinte cardiaque, méningoencéphalite, …).

En raison de sa haute contagiosité (taux de reproduction effectif « Re » de environ 3), il a été à l’origine d’une pandémie mondiale en 2020 qui a nécessité le confinement de la population afin de limiter la surcharge observée dans les hôpitaux du monde entier.

Tests diagnostiques

Le diagnostic de la maladie peut se faire par RT-PCR⁹ détectant l’ARN dans différents types d’échantillons (prélèvement de bouche, nasopharyngé, oropharyngé, sécrétions respiratoires, …). Le diagnostic par des tests immunochromatographiques¹⁰ (détection des antigènes) est également possible mais avec une sensibilité de l’ordre de 1’000 fois inférieure. En effet, si la limite de détection de la PCR est de l’ordre de 100 copies par ml, celle des tests antigènes n’est que de l’ordre de 100’000 copies par ml.

La sérologie¹¹ permet de détecter des anticorps dirigés contre diverses protéines du virus dont la nucléocapside (anti-N) et la Spike (anti-S). Les personnes infectées présentent environ 10 à 15 jours après l’infection une apparition d’anticorps anti-S et anti-N. Les personnes vaccinées ne présentent généralement des anticorps que contre la protéine S, car cette protéine est la clef qui permet au virus d’entrée et les vaccins sont conçus pour induire la production d’anticorps neutralisants¹² l’entrée du virus dans les cellules grâce à des anticorps anti-S.

Le sequençage des génomes du virus permet de caractériser précisément quel variant a infecté un patient donné et permet :

de confirmer des transmissions entre 2 individus,
de confirmer des infections prolongées par un même virus (parfois pour plus de 2 mois chez des individus immunosupprimés) et
de vérifier si un patient reinfecté ou infecté malgré un vaccin présente un variant¹³ particulier.

D’origine zoonotique

Comme beaucoup d’autres maladies infectieuses, le coronavirus est d’origine zoonotique et plusieurs animaux ont été incriminés comme de possibles réservoirs ou vecteurs (pangolins, visons, chauves-souris, …).

Très contagieux

L’épidémie se transmet particulièrement rapidement lorsqu’une personne présente une charge virale particulièrement élevée (superspreader¹⁴). Environ 30% des personnes étant asymptomatiques et bien que la charge virale soit en moyenne 100 fois plus basse chez les personnes asymptomatiques, de grands rassemblements ont été à l’origine de flambées épidémiques extrêmement rapides dans les premiers mois de l’année 2020. Ainsi par exemple, une large dissémination peut survenir lors de grands rassemblement et notamment lorsque les gens chantent et crient à tue-tête comme dans les stades de football ou autour des patinoires de hockey ou lorsque les gens chantent dans un chœur. Notons que la transmission du virus peut être également facilitée par la promiscuité dans les trains, métros ou autres transports publics. La transmission dépend non seulement de la charge virale au niveau des voies aériennes supérieures mais également au niveau pulmonaire. Ainsi, un patient symptomatique qui tousse doit être considéré comme possiblement contagieux même si les RT-PCRs au niveau des voies aériennes supérieures montrent des charges virales relativement basses.

Des vaccins

Dès la fin de l’année 2020, des vaccins ont été disponibles qui ont permis de vacciner en quelques mois un nombre conséquent de gens, permettant progressivement de contrôler l’épidémie et réduire les mesures préventives. Ces vaccins devront être probablement ajustés au cours des années futures selon l’émergence de variants¹³, comme c’est le cas pour d’autres virus ARN.

Panier