Le dico (N-S)

Neisseria gonorrhoeae = Bactérie appelée gonocoque. Il s’agit de coques Gram négatifs causant l’urétrite à gonocoque (blénorragie), une infection sexuellement transmise. Cette espèce bactérienne du même genre que les Neisseria jaunes (Neisseria flavus, Neiseria subflava) qui colonisent notre muqueuse buccale et que le méningocoque (Neisseria meningitidis), agent de méningite parfois sévère et de méningococèmie.

Neisseria meningitidis = Bactérie du genre Neisseria ; agent de méningite parfois sévère et de méningococèmie ; souvent connu sous le nom de « méningocoque ».

Neutropénie = taux anormalement bas de polymorphonucléaires neutrophiles (granulocytes). La neutropénie accroit le risque d’infection bactérienne et d’infection fongique. Cette condition survient parfois suite à des traitements médicamenteux, notamment des chimiothérapies antitumorales. On peut également observer occasionnellement des neutropénies suite à des infections, par exemple dû à la bactérie Anaplasma phagocytophilum.

Neutrophile = Le neutrophile est un type de globules blancs caractérisés par la capacité de phagocytose et de créer une réaction inflammatoire purulente (formation de pus, d’abcès). Le neutrophile et l’un des trois types de polymorphonucléaire présent dans le sang avec les polynucléaires éosinophiles et basophiles.

Oncogène = Catégorie de gènes qui favorisent la survenue de cancers ; se dit également de manière plus générale de tout élément favorisant le développement et la prolifération de cellules cancéreuses. Ainsi il existe des virus oncogènes, ils peuvent transformer les cellules qu’ils infectent et la rendre cancéreuse. Parmi les virus oncogènes, citons le virus d’Epstein-Barr qui s’associe à des lymphomes notamment soit chez des personnes génétiquement susceptibles (carcinome nasopharyngé en Asie, lymphome de Burkitt en Afrique sub-saharienne) soit chez des personnes immunosupprimés (lymphome associé au Sida).

Opisthothonos = Contracture musculaire sévère survenant dans le cadre d’infections par Clostridium tetanii, agent du tétanos et caractérisé par un dos arqué lié à une contracture massive des muscles paravertébraux.

Opportunistes = Se dit d’une infection qui survient chez un patient immunosupprimé ou vulnérable.

Orchite = Inflammation des testicules. L’orchite est l’une des manifestations cliniques de l’infection par le virus des oreillons.

Oreillons = Infection virale qui se transmet par la salive et par les gouttelettes produites par les personnes infectées en parlant ou en toussant ; le virus des oreillons va provoquer une inflammation des parotides et un syndrome grippal avec des maux de tête et de la fièvre. Chez les hommes, le virus peut aussi toucher les testicules.

Organisme unicellulaire = Se dit de tous les êtres vivants qui ne sont constitués que d’une seule cellule, par exemple les amibes et autres protozoaires.

Oxyures = Petits vers intestinaux de couleur blanche, mesurant quelques millimètres. Ils sont très fréquents chez les enfants et leur entourage. Le soir et la nuit, les femelles déposent leurs œufs autour de l’anus en produisant une substance irritante qui démange. En grattant, les œufs se retrouvent sous les ongles et sont ensuite disséminés. Les oxyures sont sans danger et faciles à éliminer.

Parasite = Organisme animal ou végétal qui vit aux dépens de son hôte.

Paroi = Partie rigide constituée de peptidoglycans présent à la surface des bactéries ; les bactéries Gram positif présentes une paroi plus épaisse (environ 80 nm) que les bactéries Gram négatif (environ 2-3 nm). Les mycobactéries présentent une paroi particulièrement épaisse constituée non seulement de peptidoglycans mais également d’acide mycoliques, qui les rend résistantes à l’acidité de l’estomac.

Pasteurisation = Action de chauffer certains produits alimentaires (produits laitiers, jus de fruits, …) permettant de détruire la plupart des bactéries par chauffage à environ 72°C pour 30 minutes. Cette approche permet de préserver la qualité des aliments en évitant la transformation des protéines présentes dans l’aliment par l’application d’une chaleur trop élevée. Par contre, l’élimination des microbes n’est que transitoire puisque les bactéries sporulées peuvent survivre à la pasteurisation. Lorsque des températures plus élevées sont appliquées à un produit alimentaire (produit laitier par exemple) pour éliminer également les bactéries sporulées, on parle alors d’upérisation.

Pathogène = Qui génère de la souffrance (du grec pathos). Ainsi, un agent pathogène est un microbe qui cause des maladies.

PCR = Abréviation du mot anglais « polymerase chain reaction », la PCR est une réaction chimique itérative qui permet à partir d’un brin d’ADN d’obtenir des millions de brins d’ADN facilement détectables ensuite, et ce grâce à des cycles successifs d’amplification du nombre de brins d’un facteur deux.

Pénicilline :=Antibiotique, synthétisé naturellement par un champignon filamenteux appelé Penicillium. La pénicilline est une famille d’antibiotiques largement utilisés en médecine pour traiter les infections bactériennes et découverte en 1929 par Alexandre Fleming.

Peste = Maladie causée par la bactérie Yersinia pestis. Plusieurs espèces de rongeurs peuvent être des réservoirs pour cette bactérie, par exemple les rats, mais aussi les écureuils. Les puces qui vivent sur ces rongeurs sont infectées par la bactérie et la transmettent aux hommes par leur piqûre. Depuis la découverte des antibiotiques, la peste n’est plus aussi grave que dans le passé lorsqu’elle provoquait des épidémies très meurtrières.

Peste bubonique = Forme de peste caractérisée par la présence de bubons (Ganglions lymphatique enflammés). Les bubons sont typiques de la peste et sont caractérisés par une inflammation intense et un aspects noirâtre lié à la nécrose et à un statut hémorragique. La peste bubonique est généralement secondaire à une infection par les puces de rat.

Phagocytose = Processus par lequel les neutrophiles, les macrophages et d’autres cellules capables d’effectuer la phagocytose peut ingérer des bactéries. La phagocytose joue un rôle majeur dans la défense face aux infections. Ce mécanisme d’internalisation va permettre de conduire le microbe phagocyté à l’intérieur de la cellule dans le compartiment appelé phagosome. Cette vacuole (phagosome) va ensuite maturer pour devenir un lysosome, où les particules infectieuses seront détruites grâce à des enzymes (hydrolases) et à un pH acide obtenu grâce à des pompes à protons (H+) présente sur la membrane de ces vacuoles.

Phlébotome = Petit insecte de l’ordre des diptères, souvent considérés comme des moustiques puisque ils sont hématophages (se nourrissent de sang par piqures). Les phlébotomes comprennent différents genres dont Lutzomya vecteur de Bartonella bacilliformis, l’agent de la maladie de Carrion. Les phlébotomes sont aussi les vecteurs des Leishmania et de certains arbovirus.

Peste pulmonaire = Forme de peste caractérisée par une pneumonie. Cette forme est importante à connaître car elle permet la transmission interhumaine par aérosols, ce qui confère à Yersinia pestis un très haut potentiel épidémique.

PicoRNAvirus = Famille de petits virus ARN nu (sans enveloppe) avec une capside de symétrie icosaédrique (pico signifiant « petit »).

Plaquettes = Petites cellules sans noyau présentes dans le sang qui sont importantes pour la coagulation.

Plathelminthes = Vers plats, par opposition aux némathelminthes qui sont les vers ronds (nématodes). Parmi les Plathelminthes on distingue notamment les Ténias et les Echinocoques qui sont des vers segmentés (Cestodes) ainsi que les Douves, qui sont plats et non segmentés (Trématodes).

Poliomyélite = Infection due à un entérovirus particulier appelé poliovirus qui cause une paralysie des suites de l’infection des cornes motrices de la moelle épinière.

Probiotique = Bactérie favorable à la santé qui peut être consommée comme supplément sous forme de capsules. Les principales bactéries probiotiques incluent les lactobacilles, Akkermansia muciniphila ainsi que Bifidobacterium.

Procaryote = Organisme vivant dont le noyau (primitif) n’est pas délimité par une membrane. Du grec « pro » (primitif) et karyo (noyau). Les procaryotes présentent de l’ARN ribosomal de bas poids moléculaire (16S et 23S), comme les mitochondries et les chloroplastes, qui étaient à l’origine des bactéries symbiotiques. Les procaryotes incluent les bactéries et les Archea.

Protéine Spike = Protéine du Coronavirus qui lui permet d’entrer grâce à la région RBD de cette protéine (receptor binding domain) qui se lie spécifiquement aux récepteurs de l’enzyme de conversion. C’est contre cette protéine Spike que sont développées les anticorps neutralisants qui permettent de réduire la capacité d’entrer du virus dans les cellules humaines.

Protiste = Protozoaire unicellulaire qui peut être de forme amiboïde (amibe) ou être sous forme enkystée. On distingue également certains protozoaires flagellés (ciliés).

Psittacose = Maladie due à Chlamydia psittaci généralement transmis par les oiseux à distinguer des ornithoses qui correspondent à l’ensemble des maladies transmises par les oiseaux y compris la psittacose.

Puces = Arthropodes vecteurs de diverses maladies infectieuses. Ainsi la puce de chat est le vecteur de Bartonella henselae l’agent de la maladie de griffes de chat alors que la puce de rat est le vecteur de l’agent du typhus Rickettsia typhi et peut également transmettre la peste due à Yersinia pestis.

Rage = Maladie causée par le virus de la rage (rhabdovirus). La rage peut être transmise par des mammifères terrestres, par exemple suite aux morsures de chiens et également par des chauves-souris.

Réassortiment = l’ensemble du contenu en gène d’un virus donné est parfois présent sur une seule molécule d’ARN ou d’ADN ou sur plusieurs segments. Pour la grippe, on note 8 segments d’ARN. Ces différents segments peuvent donc faire l’objet d’un réassortiment avec des virus chimériques qui présenteront des segments d’un type de virus de la grippe et d’autre segments d’un autre variant. Le réassortiment entre des différents virus de la grippe contribue à des sauts antigéniques importants souvent liés ensuite à des pandémies de grippe. Par opposition la dérive antigénique annuelle observée par des mutations ponctuelles explique la saisonnalité de la grippe, qui survient chaque année mais est moins importante en nombre de cas observés que lors de sauts antigéniques.

Récepteur = Le récepteur est généralement une protéine présente à la surface d’une cellule eucaryote qui permet de lier une protéine d’une bactérie ou d’un virus, leur facilitant l’adhésion, l’entrée, ou/et l’invasion cellulaire.

Régurgitation = Retour à la bouche du contenu alimentaire de l’estomac ou de l’oesophage. De nombreux oiseaux et quelques mammifères régurgitent de la nourriture pour leurs petits.

Réservoir = Le réservoir est une espèce animale qui est naturellement infectée par un agent pathogène donné et au sein de laquelle le pathogène (virus, bactérie ou parasite) va pouvoir se reproduire au long cours et persister naturellement. À partir du réservoir, on observe occasionnellement des infections d’autres espèces animales dont l’être humain. Les chauves-souris présentent une grande résistante à divers pathogènes et sont par conséquent le réservoir de nombreux virus (virus de la rage, virus Ebola, coronavirus, …) et de quelques bactéries (Waddlia,…). Les rongeurs et notamment les rats ont également un système immunitaire robuste qui en fait de fréquents réservoirs (par exemple pour Leptospira l’agent de la leptospirose ou pour Yersinia pestis l’agent de la peste).

Rhabdovirus = Les rhabdovirus ont de petits virus ARN d’environ 70 nm de diamètre et 170 nm de long. Leurs noms proviennent du grec rhabdo qui veut dire « allongé, en forme de bâtonnet ». Parmi la famille des rhabdovirus on distingue le virus de la rage.

Rhinovirus = Le rhinovirus est l’agent causant le rhume (rhinite virale) ; les rhinovirus sont des virus ARN classés comme les entérovirus au sein des PicoRNAvirus, en raison de leur petite taille (pico signifiant « petit »).

Rhipicephalus sanguineus = Espèce de tiques, vecteur de Rickettsia conorii l’agent de la fièvre boutonneuse méditerranéenne ; cette tique Rhipicephalus sanguineus préfère se nourrir et infester les chiens que l’être humain ce qui explique que cette espèce de rickettsie soit de transmission sporadique à l’homme. Inversement, l’agent de la ricketsiose africaine, Rickettsia africae, transmis par la tique Amblyomma se caractérise par des infections groupées et de multiples escarres d’inoculation, en raison du comportement des Amblyomma, qui sentent le CO2 exhalé par les mammifères et attaqueront en groupe.

Rhume = Le rhume peut être d’origine virale (rhinite virale) ou d’origine allergique (rhinite allergique pollinique appelée couramment rhume de foins). Les rhumes d’origine virale sont principalement dus aux coronavirus saisonniers et aux rhinovirus.

Rickettsies = Les rickettsies sont des bactéries du genre Rickettsia qui peuvent causer le typhus (Rickettsia typhi et Rickettsia prowazekii) ou les fièvres boutonneuses (Rickettsia africae Rickettsia conorii, Rickettsia rickettsii, …). Ces bactéries ne peuvent survivre et se multiplier qu’à l’intérieur d’une cellule. Elles sont transmises aux hommes et aux animaux par le biais de différents arthropodes.

RT-PCR = Méthode de biologie moléculaire permettant la détection de l’ARN viral des « virus ARN » par une rétro-transcription de l’ARN viral en ADN complémentaire suivi d’une réaction de polymérisation en chaîne (PCR) permettant une amplification exponentielle de l’ADN complémentaire et sa détection. Notez que les « virus ADN » dont le génome est constitué d’ADN peuvent être détecté simplement par une PCR, sans cette étape préalable de rétro-transcription.

Sarcome de Kaposi = Tumeur due à un virus du groupe herpes appelé KSV ; cette tumeur se caractérise par une néoformation de vaisseaux et est documentée principalement chez les personnes souffrantes d’un déficit de l’immunité cellulaire (infection HIV au stade SIDA avec peu de lymphocytes CD4).

SARS = Le syndrome aigu respiratoire décrit en 2002 était dû au virus SARS-CoV, aujourd’hui appelé SARS-CoV-1. Il est caractérisé par une infection respiratoire sévère et est associé à une mortalité de l’ordre de 25% à 30%. En raison de sa haute mortalité, des mesures très importantes ont été prises pour limiter sa dissémination ce qui a conduit à son élimination en 2004.

SARS-CoV-1 = Espèce de Coronavirus qui a causé le SARS.

SARS-CoV-2 = Espèce de Coronavirus qui cause la maladie Covid-19.

Sauts antigéniques = Les sauts antigéniques sont généralement dus à un réassortiment génétique qui permet au virus (par exemple influenza) de brutalement échapper aux anticorps neutralisants que la population avait produit lors de l’infection préalable. Les sauts antigéniques sont à l’origine des pandémies grippales ; ils sont à différencier de la dérive antigénique, plus graduelle.

Septicémie = Infection grave caractérisée par la présence de microbes pathogènes dans le sang et les organes. On distingue deux types de septicémies : celles dues à des bactéries (bactériémies) et celles dues à des champignons (fungémies).

Sérologie = Ensemble des méthodes permettant la détection d’anticorps et la quantification du taux (titre) de ces anticorps. La détection d’anticorps se fait généralement à l’aide d’antigènes (part d’une protéine reconnue par les anticorps). Par extension, il est possible d’utiliser des techniques de sérologie (se basant sur la liaison antigène-anticorps) pour détecter des antigènes à l’aide d’anticorps. Littéralement, sérologie signifie « étude du sérum », mais il est possible de mesurer le taux d’anticorps dans d’autres échantillons que le sérum (liquide céphalo-rachidien par exemple).

Souche = Ce mot peut s’utiliser pour les virus (souche virale) ou pour des bactéries (souche bactérienne), lorsque divers isolats proviennent soit du même sujet lors d’un même épisode infectieux ou de plusieurs sujets lors d’un même évènement de transmission lors d’une épidémie. Les différentes souches sont considérées comme identiques si elles ne présentent pas de mutations permettant de les différencier. Ce terme « souche » est à différencier du terme « isolat », qui est obtenu par culture à partir d’un échantillon clinique donné ; ainsi chez un patient, plusieurs isolats obtenus par culture de divers échantillons lors d’un même épisode fébrile reflète généralement une souche unique, en l’absence d’infection mixte polymicrobienne.

Spasme = Contraction de la musculature qui s’avère parfois douloureuse, par exemple lorsque ces spasmes sont par exemple observés suite à une exposition à la toxine du tétanos.

Spirochète = Ordre de bactéries qui inclut différentes espèces dont Treponema pallidum agent de la syphilis, Leptospira interrogans agent de la leptospirose, et Borrelia burgdorferi agent de la maladie de Lyme. L’ensemble des spirochètes se caractérisent

par une grande sensibilité aux dérivées de la pénicilline (ceftriaxone par exemple) et une sensibilité à la doxycycline
par une forme spiralée qui a donné son nom à cet ordre bactérien.

Spores = Forme bactérienne qui confère une résistance particulière à la dessiccation et aux chaleurs élevées, y compris à la pasteurisation.

Staphylocoque = Les staphylocoques sont des cocci Gram positifs qui se retrouvent généralement en grappe; il s’agit d’un genre bactérien très répandu colonisant par exemple notre peau (Staphylococcus epidermidis). Ce genre bactérien inclut aussi l’un des trois plus fréquents agents pathogènes bactériens: le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus); les Staphylocoques se retrouvent très souvent sous forme d’amas ou de grappe au microscope et se colore en violet à la coloration de Gram.

Stérilisation = Méthode permettant l’élimination de tous les microorganismes présents par exemple dans un aliment, sur un outil ou dans une solution (milieu de cultures, instruments de chirurgie, …). La stérilisation permet d’éliminer les microbes (bactéries, virus, champignons et parasites) présents sur un support matériel. La stérilisation peut se faire par l’utilisation de la chaleur, par l’utilisation de produits chimiques ou éventuellement par irradiation.

Superspreader = Personne très contagieuse et donc capable de disséminer l’infection à de nombreuses autres personnes ; le taux de reproduction (nombre de cas secondaires observé à partir d’un cas index) est largement plus grand chez les « superspreaders » que pour l’ensemble de la population ; c’est pour cette raison que les mesures de santé publique qui visent à freiner une épidémie ciblent souvent en priorité sur les « superspreaders ».

Symétrie icosaédrique = Les capsides virales sont constituées de protéines similaires qui s’assemblent facilement permettant de protéger l’ARN viral à l’intérieur de la capside. Cet assemblage peut se faire sous la forme de deux types d’arrangement :

de symétrie icosaédrique ou
de symétrie hélicoïdale.

La symétrie icosaédrique est celle d’un icosaèdre. L’icosaèdre est un polyèdre irrégulier qui présente 12 sommets et 20 faces, les faces étant toutes des triangles équilatéraux. Ainsi un virus dont la capside à une symétrie icosaédrique aura cette forme d’icosaèdre.

Syndrome de Guillain-Barré = Il s’agit d’une manifestation de type auto-immune (due à des anticorps dirigés contre les constituants du soi), qui survient généralement suite à une infection digestive (Campylobacter par exemple) ou respiratoire et qui causera une paralysie partielle ou complète des muscles, qui dure généralement quelques semaines à quelques mois.

Syndrome grippal = Ensemble de symptômes qui ressemblent à ceux observés lors d’une véritable grippe. Cependant, le syndrome grippal peut être dû au virus de la grippe ou à d’autres virus (parainfluenza, coronavirus SARs_CoV-2, …).

Syphilis = Infection sexuellement transmise (IST) qui peut se présenter sous la forme d’une ulcération non douloureuse de la muqueuse (chancre d’inoculation) ou d’une éruption cutanée sans démangeaison. Si elle n’est pas soignée, la syphilis peut devenir chronique et peut causer une démence plusieurs années après l’infection (3 à 20 ans). Elle est actuellement en recrudescence en Suisse et dans les pays développés.

Panier

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