Les gastro-entérites peuvent être dues à des virus (entérovirus, norovirus,…) ou à des bactéries (Salmonella, Campylobacter, Shigella,…). Certaines amibes pathogènes (Entamoeba histolytica par exemple) peuvent également causer des symptômes similaires.
Notons encore que les microbes des aliments ne causent pas seulement des intoxications alimentaires et des gastro-entérites. Listeria monocytogenes par exemple peut causer des méningites, des septicémies, des pneumonies et également provoquer des fausses couches chez les femmes enceintes.